Laut dem jüngsten Bericht der Europäischen Umweltagentur (EUA) über die Wasserqualität in Europa erreichen nur 40 Prozent der Flüsse und Oberflächengewässer, sowie der Mündungsgebiete und Küstengewässer ein ausreichendes ökologisches Niveau, wie in der EU-Wasserrahmenrichtlinie angegeben. Diese wurde im Jahr 2000 verabschiedet und bildet seither den Rahmen für die Bewertung, die Verwaltung, den Schutz und die Verbesserung der Qualität der Wasserressourcen in der Union. Damit sollen Gesundheit, Wasserversorgung, Ökosysteme und biologische Vielfalt geschützt und die EU-Mitgliedstaaten verpflichtet werden, bis 2015 ein zufriedenstellendes Wasserqualitäts-Niveau zu erreichen. Dieses Ziel haben die meisten von ihnen noch lange nicht erreicht.

Die Mündungsgebiete sind im Allgemeinen die am stärksten verschmutzten Gebiete (weniger als 29 Prozent ihres Wassers ist von „guter“ oder „hoher“ Qualität), während fast die Hälfte der Seen (49,5 Prozent) eine bessere ökologische Gesamtqualität aufweisen.

Während sich der Anteil der Oberflächengewässer „guter“ oder „hoher“ Qualität in den letzten Jahren nicht wesentlich verändert hat (37 Prozent der Gesamtmenge), ist der Anteil der Gewässer unbefriedigender Qualität von 48,5 Prozent auf 59 Prozent gestiegen. Dies ist zum Teil auf die Zunahme der Anzahl der bewerteten Flüsse und Gewässer zurückzuführen.

Estland, die Slowakei und Rumänien sind die drei Länder mit der höchsten Anzahl von Flüssen mit „guter“ oder „hoher“ Qualität, während Polen, Luxemburg und Deutschland die Schlusslichter sind.

Bezüglich der Seen haben Österreich, gefolgt von Schweden und Estland die meisten Gewässer mit „guter“ oder „hoher“ Qualität, während die Niederlande, und erneut Polen und Rumänien an der Spitze der Rangliste stehen.

Die wichtigsten Schadstoffe in Oberflächengewässern sind Quecksilber sowie Rückstände aus Pestiziden, sowie aus Abwasser- und Abfallbehandlungsanlagen. Die EUA stellt jedoch Verbesserungen bei isolierten Schadstoffen fest, „was darauf hindeutet, dass die Mitgliedstaaten Fortschritte bei der Ermittlung von Schadstoffquellen machen“.

Die Wasserqualität des Grundwassers ist im Durchschnitt deutlich höher (74 Prozent chemisch zufriedenstellend). Die Hauptverschmutzungsquellen sind Nitrate und Pestizide aus der Landwirtschaft, sowie Flüssigkeiten aus Müllhalden, die nicht an die Kanalisation angeschlossen sind, und brachliegende Industriegebiete.

Die wichtigsten Quellen der ökologischen Belastung für Flüsse und Oberflächengewässer sind (geordnet nach ihrer Bedeutung): Veränderungen der Struktur von Flüssen und Seen, von denen 40 Prozent betroffen sind; diffuse Verschmutzungsquellen aufgrund von Landwirtschaft und Niederschlägen (38 Prozent der betroffenen Flüsse und Gewässer); punktuelle Verschmutzungsquellen (18 Prozent der betroffenen Flüsse und Gewässer) und Entnahme (7 Prozent der betroffenen Flüsse und Gewässer).

Der Bericht basiert auf den von unterschiedlichen Ländern durchgeführten Messungen in 111.000 Flüssen und Gewässern (80 Prozent sind Ströme, Flüsse und Bäche; 16 Prozent sind Seen und 4 Prozent sind Mündungsgebiete und Küstengewässer) und 14.400 Grundwasser zwischen 2015 und 2018.